1.文永之役
至元十年（1273年）2月，襄阳城守将吕文焕“惧而请降”。元军终于攻破南宋的大门，统一中华大地指日可待。与此同时，高丽的叛乱也已经平息。在忽必烈看来，征讨日本的时机已经成熟。
公元1274年4月，忽必烈派两位使者去高丽征兵。最终，元朝与高丽的征日联军达3万人，其中，元军15000人，高丽军8000人，另外还有水手6700人。
征日联军原定7月出发，但因为高丽国王王禃突然去世，所以拖延到10月才成行。10月3日，在征东都元帅忻都、右副帅洪茶丘、左副帅刘复亨的率领下，联军乘坐900条战船从高丽合浦出发（今镇海湾马山浦附近），直奔日本而去。
两天后，联军袭击了对马岛。当时驻守对马岛的日军只有80人，所以，联军很快就把他们打败了。10月17日，联军开始攻打一歧岛。日军守将平景隆率领100骑兵英勇迎战，最终也被打败。两周之后，征日联军已经抵达博多湾（今福冈附近），并开始从博多湾西面登陆，他们打算从西往东挺进，最终占领博多。
联军在博多湾遭遇了由幕府驻博多守护、镇西奉行大友赖泰和武藤祐吉指挥的
一支由御家人组成的军队。日本的史料没有提供这支军队的详细情况，可以肯定的是，它一定比联军的规模要小得多。日本历史学家石井进的估计是，这支由御家人组成的军队大概有6000人。
征日联军所使用的武器，比如，淬过毒的箭矢以及爆炸装置，日本人以前从没有见过。日本武士一对一单挑式的作战方式，在集团作战的联军面前显得毫无用处。而且，虽然是跨海长途奔袭而来，联军似乎并没有感到疲累。所以，尽管取得过一些小规模的胜利，就总体而言，镰仓幕府的军队完全处于下风。
日本的一幅题为《蒙古袭来绘词》的画卷生动地描述了这场战争。这幅画卷是肥后国的御家人竹崎季长委托一名画师画的。
公元1274年10月20日，竹崎季长正在参加箱崎湾的战斗，当他听说博多遭到了袭击，就立刻带着四名随从赶到那里。等他们到达博多时，已经有很多其他地方的武士到达那里。这时，指挥官武藤景佑下令联合反击。由于竹崎季长只有五个人，他确信这场战争不能带给他荣耀，因而带着随从去了赤坂战场。在那里，肥后国的武士菊池武房正率军撤退。这正是名扬日本的机会。竹崎季长迅速投入战斗。但是，他的一名随从很快中箭了，他本人和其他三名随从也身负重伤。肥前国的武士白石通泰救了他。白石通泰手下有一百多号人马。
竹崎季长的表现为日本武士树立了榜样，但并非所有武士都像竹崎一样，把个人荣誉放在第一位。在文永之役结束之后，幕府曾经批评某些武士，说他们虽然身在战场，但是却拒绝作战，或者在结束一场战役之后，拒绝赶赴下一个战场。
10月21日，文永之役到达了高潮。日军放弃了博多和箱崎地区，撤退到水城的一个古老要塞，以保卫太宰府的安全。太宰府距离海岸只有16公里。但是，征日联军的损失也不小。元军左副帅刘复亨被武藤景佑射伤。
由于过高估计了日军的数量，再加上联军资源损耗较大，后勤保障也跟不上，
蒙古统帅忻都作出了撤退的决定。《元史》记载，联军之所以撤军，是因为“官军不整，又矢尽，惟掳掠四境而归”。
但是，一场突然袭来的罕见大飓风，把元朝高丽联军逼入了绝境。现在仍然不清楚的是，在遭遇飓风袭击的时候，联军舰队是仍然停留在博多湾，还是在经过一歧岛和对马岛返回高丽的途中。据《高丽史》记载：“军不还者无虑万三千五百余人。”[1]
2.弘安之役
“文永之役”结束之后，幕府势力得到极大扩张。由幕府武士统治的国（相当于州），增加了11个，其中8个国的守护由北条家族把持，其余3个国由足立守及其盟友把持。日本的防务完全被幕府监管。
因为担心蒙古人会再次来袭，幕府很快组织了防御工作。公元1275年，九州岛的下臣们接到名为“异国警固番役”的命令：将两到三国的兵力组成联合部队，每支联合部队每年都要进行3个月的防御巡视。
幕府还在博多湾修建了长长的石头墙。这道长度约20公里的防御墙距离海岸线约50米，它大约1.5米到2.8米高，墙的底部约1.5米到3.4米厚。幕府原先的计划是，从公元1276年3月开始建造，花5个月时间建成。但是，实际上花的时间更长一些。比如，萨摩国负责的那一段城墙直到1277年初才建成。负责建设这道墙的不仅有九州的御家人，还有各类庄园官员，他们肩负的责任大小，与他们
[1]郑麟趾：《高丽史》卷二十八，《世家》第二十八。
拥有土地的多少成正比。
除了安排海岸线防御任务，幕府还采取措施、调配兵力，以保卫京都安全。德高望重的北条时盛和许多知名武士被派往京都。山城国的所有武士，包括御家人和非御家人，都被责令执行“大番役”，即保卫京都的任务。
另外，为了避免增加民众的负担，幕府鼓励武士和朝臣过节俭的生活。幕府还命令寺庙和神社作特别祈祷，在精神上帮助他们保卫国土、打败敌人。
据日本史料，公元1275年年底的时候，幕府甚至曾计划攻打高丽，以复仇的方式进行防御。他们打算次年春天就动员武士、准备战舰、招募水手，而且，他们不仅招募幕府的武士，也招募不属于幕府的武士。但是，这个计划最终并没有实施。
公元1275年2月，忽必烈派礼部侍郎杜世忠、兵部侍郎何文著等出使日本。4月，元朝特使到达的地方是长门（今兵库县附近），而不是太宰府。幕府的态度比以前要强硬得多。8月，幕府传唤所有元朝的随行人员。9月，幕府在镰仓郊区将元使全部处死。但这个消息直到1280年2月才传到元朝。
公元1279年初，南宋已经完全被消灭。而宋朝的灭亡，又使元朝获得了更多的资源。这时，征讨日本再次提上日程。
公元1279年，忽必烈命令江南建造600艘战舰，并与南宋降将范文虎讨论了行动的细节。忽必烈得到的建议是，再派一队特使去出使日本并警告他们，如果不臣服于元朝，将遭受南宋同样的命运。1279年6月，特使周福、栾忠等抵达日本，但和前次一样，朝廷和幕府拒绝接待他们，所有使臣在博多被处死。
灭宋之后，元朝接管了南宋海军，已经能够直接从大陆出发，跨海袭击日本了。但是，忽必烈仍然希望高丽出力。公元1279年正月，元朝在高丽设置了艾州、东京、柳石、孛落四个驿站。6月，忽必烈命高丽王王賰（即王谌）“造战船征日本，
以高丽材用所出，即其地制之”。
公元1280年，当得知杜世忠等人被日本处死的消息后，忽必烈加快了征讨日本的进度：对南宋新附军（即投降的南宋军队）进行整编，并在高丽设置征东行省（亦称日本行省）主持征伐大计。
公元1281年正月，忽必烈命令元军兵分两路攻打日本：东路军由征东行省右丞忻都、洪茶丘和都元帅金方庆指挥，共计有蒙、汉、高丽军4万人，以及一万多名水手和900艘战船；江南军则由日本行省右丞相阿剌海、右丞范文虎、左丞李庭、张禧等率领，共计有南宋新附军和临时征集的江南士兵10万人，有3500艘战船。
次月，诸将前来向皇帝告辞。忽必烈对他们说道：
因为日本扣留我朝使者（指的是周福、栾忠等人），所以派你们走这一趟。我曾听汉人说过，占领别人的国家，就要得到别国的百姓和土地，如果杀尽了百姓，就算得到了土地也没有用处。
从这几句话不难看出，忽必烈对这次出征抱有极高的期待，他所要的不仅仅是一场胜仗，而是彻底征服并统治日本。大国一个个都被自己消灭了，更何况是这个小小的倭国？忽必烈自然会有这样的信心和期待。但是，他同时也有一丝不祥之感。他对行将出征的将军们说道：
还有一件事，我实在是担心，就是担心你们不和。如果日本人要与你们谈判，你们要同心同谋，就像是一个人似的。[1]
[1]《元史》卷二百○八，《外夷列传一》。
忽必烈的担心后来果然应验。
元朝在做出征准备之时，日本也在厉兵秣马。日本的史料说明，镰仓幕府知道入侵正在迫近。幕府曾在一封信中提醒九州守护大友赖康，元军的入侵可能会在1282年4月，要求他夯实自己的国防戒备。显然，元军来得比他们预计的快得多。
日本的动员方式与“安永之役”时相同。九州武士在博多湾集结，指挥官是大友和武藤。他们把新建成的石墙当作屏障。日军的确切规模并不清楚，但应该比上一次战役时更为庞大。