2.顺应病机，因势利导
仲景根据《素问·阴阳应象大论》“谨守病机，各司其属”的理论，对于邪实之证的治疗，还随病邪所在部位的不同，顺应病机，因其势而就近引导，使之排出体外，以达到使正气免受损伤或少受损伤的目的。如瓜蒌桂枝汤、葛根汤和大承气汤，三方均治痉病，对病邪在表者，用瓜蒌桂枝汤、葛根汤发汗达表，使病从外而解；对于病邪在里者，用大承气汤攻下通腑，使病从里而除。
3.平调阴阳
由于疾病的发生是阴阳失去相对平衡的结果，故原书所采用的一切治疗手段都是为了达到平调阴阳之目的。如《水气病脉证并治》篇对水气病属“气分”的治疗原则，明确指出“阴阳相得，其气乃行，大气一转，其气乃散”。因为阴阳为营卫气血之总司，阴阳相得，则气血充沛，营卫和谐，精神乃治；若阴阳相失，则气血乖戾，营卫不和，疾病丛生。水气病如此，百病皆然。
对于阴阳两虚出现偏寒偏热的虚劳病证，仲景并不是简单地以热治寒、以寒治热，而是采取建立中气、调和阴阳的方法，小建中汤为其代表方，使中气得以运化，从阳引阴，从阴引阳，俾阴阳得以协调，则“虚劳里急，悸，衄，腹中痛，梦失精，四肢酸疼，手足烦热，咽干口燥”之证也随之消失。
三、抓住主要矛盾
1.急则治其标，缓则治其本
仲景重视“扶正（本）与祛邪（标）兼顾”的治疗原则，已如前述。但是，标本关系在一定条件下是可以互相转化的，当“标”处于主要矛盾的时候，则又应“急则治其标”了。如以妊娠期疾病而言，当疾病属主要矛盾时，应先抓住主要矛盾，祛病即能安胎，故仲景对妊娠宿有癥病者，用桂枝茯苓丸祛瘕以安胎；胃虚寒饮之恶阻，用干姜人参半夏丸益气蠲（juān）饮，温中降逆；阳虚宫冷阴寒腹痛者，用附子汤温散阴寒，暖宫安胎；妊娠有水气者，用葵子茯苓散通窍利水。上述四方中所用牡丹皮、桃仁、附子、半夏、冬葵子等，应为妊娠禁忌或慎用药，但仲景根据《素问·六正正纪大论》“有故无殒，亦无殒也”的精神加以具体运用，且开禁药之不禁之先河，亦为善辨标本，抓主要矛盾的范例。
2.新旧同病，先治新病，后治旧病
《脏腑经络先后病脉证》篇第15条云：“夫病痼疾，加以卒病，当先治其卒病，后乃治其痼疾也。”当“卒病”处于主要矛盾时，则先治新病，后治旧病，为新旧同病时的一般治则。
3.表里同病，急者先治，缓者后治
《脏腑经络先后病脉证》篇第14条云：“问曰：病有急当救里救表者，何谓也？师曰：病，医下之，续得下利清谷不止，身体疼痛者，急当救里；后身体疼痛，清便自调者，急当救表也。”本条论述表里同病时的先后缓急治则，当里证为急属主要矛盾时先治，表证为缓应后治。反之，表急先治，里缓后治。
4.表里同病，表里两解
《腹满寒疝宿食病脉证治》篇第9条云：“病腹满发热十日，脉浮而数，饮食如故，厚朴七物汤主之。”本条因腹满等里证重于脉浮而数、发热等表证，虽用表里两解法治之，但以解决主要矛盾的厚朴三物汤治里实为主，而以桂枝汤去芍药解表，兼顾了次要矛盾。
四、透过现象看本质
1.“同病异治”与“异病同治”
由于基本病机虽同，但具体“病机”不同，疾病的“本质”不同，那么，根据矛盾特殊性制定的治疗原则或方法就有差异。所以，一病可以多方（多法）治疗，此为“同病异治”法的辩证法依据。反之，多种不同疾病，尽管其症状表现或具体病机不同，但若出现有共同的证候，反映了共同的脏腑经络病理变化时，由于基本病机相同，诸疾病的“本质”相同，那么，根据矛盾普遍性制定的治疗原则或方法就相同，因而异病可用一方（一法）治疗，此即为“异病同治”法的辩证法依据。现择要举例如下。
（1）同病异治如同病呕吐，属气虚津伤的胃反证者，用大半夏汤；胃气虚寒，肝气犯胃者，用吴茱萸汤；脾肾阳虚，阴盛格阳者，用四逆汤；胃中积热上冲者，用大黄甘草汤；胆胃郁热气逆者，用小柴胡汤；热迫肠胃干呕而利者，用黄芩加半夏生姜汤；中气虚滞、胃热肠寒而心下痞者，用半夏泻心汤；寒饮搏结胸中，上中二焦气机交阻者，用生姜半夏汤；寒饮气逆之实证者，用小半夏汤；中阳不足而寒饮犯胃者，用半夏干姜散；脾虚而新饮停留者，用猪苓散；中阳不运，停饮胃反，用茯苓泽泻汤；若系妊娠呕吐，属脾胃虚寒者，用桂枝汤；胃虚寒饮，用干姜人参半夏丸；产后虚热烦呕者，用竹皮大丸。此一病竟可用十五方治疗，可见同病异治运用之广。
（2）异病同治如治疗“虚劳腰痛，少腹拘急，小便不利”、“短气有微饮”、“男子消渴，小便反多，以饮一斗，小便一斗”、“妇人病饮食如故，烦热不得卧，而反倚息者……此名转胞，不得溺也”、“脚气上人，少腹不仁”等五种不同病证，因均与肾气不足有关，故都用肾气丸一方治疗。
2.“正治”与“反治”
所谓“正治”是逆其病性的寒热虚实而制方用药，因为此时疾病的“本质”基本上没有表现出“假象”，故直接用寒者热之、热者寒之、虚则补之、实则泻之的方法。原书也大多采用这种“正治法”，因较易掌握，不再赘述。
当某些严重疾病的临床症状出现“假象”，或者大寒证、大热证对“正治”法产生格拒时，所施治法与疾病的“假象”相顺从，则称为“反治法”或“从治法”，即“从者反治”之意。诸如《素问·至真要大论》所谓“寒因寒用”、“热因热用”、“通因通用”、“塞因塞用”之类，从整体用药精神而言，仍然抓住了疾病的本质，实际上与“正治法”不相矛盾。
所谓“寒因寒用”，是指治疗真热假寒证不用温药而用寒凉药。如《痉湿暍病脉证治》篇中的白虎加人参汤治疗气津两伤的“太阳中热”，既有“汗出……身热而渴”的暑热证，又出现了“恶寒”的寒象，但仲景仍用清解暑热、兼益气阴以治其本，此为“寒因寒用”之例。
所谓“热因热用”，是指治疗真寒假热证不用寒凉而用温热药。如《呕吐哕下利病脉证治》篇第45条云：“下利清谷，里寒外热，汗出而厥者，通脉四逆汤主之”，其中“里寒”为真寒，乃病之本，“外热”为假热，乃阴盛格阳的“假象”，故仍用阳热药以治其本，此为“热因热用”之例。
所谓“塞因塞用”，是指治疗真虚假实（闭塞不通）证，不用通利法而用补塞法。如《胸痹心痛短气病脉证治》篇第5条云：“胸痹心中痞，留气结在胸，胸满，胁下逆抢心……人参汤亦主之。”此“气结在胸”证，其病本乃中阳不运，故反用补塞温中之方，属“塞因塞用”之例。
所谓“通因通用”，是指其病机有瘀热实滞痞结不通，其症状有“通泄”之征，不用固涩法反用通利法治之。如“下利”，因实积中阻，热结旁流所致者，仲景在《呕吐哕下利病脉证治》篇中反用大承气汤、小承气汤通泄热结，此为“通因通用”之例。
3.观察、试探法
“膈间支饮”而“医吐下之不愈”，属误治“观察”，若“试”投木防己汤“心下痞坚”变虚软，说明有效；“心下痞坚”结实，“三日复发”，“复与”木防己汤“试治”而不愈者，说明木防己汤证转变成饮热交结的实证，而兼气虚，病情真相显露，则改用木防己去石膏加茯苓芒硝汤；产后腹痛似属气血郁滞腹痛，投以枳实芍药散，“假令不愈者”，再仔细审察，才明确“此为腹中有干血着脐下”，故改用下瘀血汤治疗。以上均为巧用观察、试探法之范例。
五、具体问题具体分析
如仲景对百合病的治疗，提出了应根据具体情况，“各随证治之”的原则，这同样适用于对其他杂病的治疗，它充分体现了在分析事物的矛盾时，要掌握“具体事物具体分析”这一观点。
1.辨证求本，随证用药
仲景在分析具体病证、遣方用药时，总不离乎疾病的本质。如《痰饮咳嗽病脉证并治》篇运用小青龙汤治支饮咳喘，则针对阳虚寒饮病之“本”，常用干姜、细辛、五味子；有肾虚而水气上冲时，则加用桂枝；水饮呕吐时，又必用半夏；血虚而见形肿，预防麻黄产生副作用时，代以杏仁；胃热上冲，见“面热如醉”者，即加大黄。故唐容川总结“仲景用药之法，全凭乎证，添一证则添一药，易一证亦易一药。”这是在辨证求“本”的前提下，当“标”证发生变化时而随证用药的范例。
2.紧抠病机，灵活加减
“随证治之”的原则，在原书部分方剂的加减法中也有充分体现，如见寒喘者加麻黄；见烦喘者则加柏实；虚气上逆者即加人参；痛多气逆而呕加橘皮、白术；胃中不和或苦痛者，加芍药；腹满者则加枳实；下有陈寒者加细辛；阳虚有寒者加附子；血虚寒多者加生姜；实热或心热者加大黄；虚热者加白薇；口渴加瓜蒌根；热结口渴者加芒硝；风水加白术；心下疼痛者加川芎；大虚者加饴糖；去血过多者加地黄；悸者加牡蛎。上述加减，无不以紧抠病机为原则，同时体现了具体问题具体分析的治疗观点。
方剂学之鼻祖
一、方剂配伍中的阴阳对立统一观
1.入阳入阴，升散潜降之药相伍
如治疗“阴阳毒”的升麻鳖甲汤，升麻入阳分解毒散毒，能升能散；鳖甲入阴分滋阴养血，咸寒潜降，使升而有制，达邪出表，消散疫毒。
2.攻补兼施，寒热并用之药相伍
如木防己汤，既用石膏之寒，又取桂枝之温；既有木防己之利（攻）水饮，又辅人参之补气虚。它如瓜蒌瞿麦丸、白虎加桂枝汤、甘草泻心汤、乌梅丸等均含此义。
3.阴药与阳药相伍，刚药与柔药互济
如桂枝汤中生姜、桂枝、炙甘草、大枣，辛甘化阳，而芍药、甘草、大枣，酸甘化阴，共奏滋阴和阳，调和营卫之效。黄土汤中既有附子、白术之刚药以温阳，又配地黄、阿胶之柔药以滋阴。
4.通彻上下、表里、内外之药相伍
如治水气病“气分”之桂枝去芍药加麻辛附子汤，以麻黄、桂枝、生姜走表达上，附子、细辛走里温下，甘草、大枣补益于中，使上、中、下三焦阳气运转，水饮消散。
5.动药与静药配伍，相得益彰
如治妊娠腹痛的当归芍药散，用静药白芍养血，动药川芎舒血中之气，茯苓、泽泻、白术补脾渗湿。诸药合用，毫无呆滞之弊。胶艾汤亦动静相宜，为补血专剂四物汤之祖方。
6.利用药物的相反相成配伍
如治寒气厥逆的“赤丸”，用了半夏与乌头，未见毒性和副作用；治留饮欲去的甘遂半夏汤，用了甘遂与甘草，甘遂用量大于甘草，值得研究。