秦人徐福东渡日本，并带去3000童男童女，这是中国古代历史上有记载的第三批大规模出海航行和入蕃定居。徐福东渡的故事在中日民间广为盛传，并在中日官方史书中记载尤详。
徐福，又名徐巿，字君房。据考证，徐福籍属秦代齐郡黄县徐乡，即今龙口市黄城镇东村徐乡故城，秦朝著名方士。他博学多才，通晓医学、天文、航海等知识，传说他还是鬼谷子先生的关门弟子，学辟谷、气功、修仙，兼通武术。并且同情百姓，乐于助人，故在沿海一带民众中名望颇高。
俗云：“做了皇帝想成仙”。秦始皇横扫六合、统一天下以后，疆域辽阔，富有四海。便于前219年(始皇二十八年)，开始了大一统后的首次东巡。封泰山后，便浩浩荡荡地沿着渤海湾东行。“乃并渤海以东，过黄（黄县，治所在今龙口市黄城集村），腄（腄县，治所在今福山区），穷成山（荣成成山头），登芝罘，立石颂秦德焉而去。”即经过今山东龙口、福山、牟平一带，东达荣成的成山头，之后又登临芝罘（即烟台，春秋时称转附，秦时称芝罘），然后又南下琅琊(治今胶南县东南，一说治今诸城)，并修筑琅琊台，居留了3个月。
位于渤海之滨山东半岛的蓬莱、芝罘、牟平一带，是海市多发地带。秦始皇登临芝罘岛后，只见云海之间，山川人物时隐时现，蔚为壮观，让他心驰神往不已。这本是海市蜃楼景象，秦始皇误认为是仙人所居的天上人间。而随行的方士们在当时也无法解释海市蜃楼幻景，便将它罩上一层神秘色彩。为了迎合秦始皇企望长生不老的心理，将其说成传说中的海上仙山。正像清人丘琼山《纲鉴合编》所云：“始皇既平六国，凡平生志欲无不遂，唯不可必得志者，寿耳。”便向天下征召长生不老之术。方士们投其所好，争相献方。秦始皇在琅琊时，遇上了方士徐福。徐福上书秦始皇编织神仙之说，声称海上有蓬莱、方丈、瀛洲三座神山，仙人居之，上有长生不死药，吃了仙药便可长生不死。
秦始皇果然受其蛊惑，信以为真，便立即派徐福乘大船入海采集仙药。他本人则在此留连忘返，等候佳音。然而，等来的却是空手而归的徐福。徐福辩称，他入海见到了海神，只是海神由于嫌礼物太薄，拒绝给予仙药。
秦始皇悻悻而返。第二年(始皇二十九年，前218年)，秦始皇再次东巡，登临芝罘岛，纵情观览。便再次派徐福出海采仙药。可又等了三个月，也不见徐福归来。于是，秦始皇便再次到泰山封禅，刻石勒碑，命丞相李斯书写铭文，颂扬秦皇的功绩。之后，便结束了第二次东巡，复怅然而还。
此后几年里，秦始皇又陆续派燕人卢生等人，入海寻求仙药，自然也是一无所获。公元前210年，秦始皇第五次出巡，又一次来到琅琊。此时距徐福第一次入海寻找仙药，已经九年了。而徐福二次入海求药，早已归来。秦始皇得到消息后，派人传召徐福。徐福担心遭到秦始皇谴责，就扯谎说：“蓬莱仙山确实有仙药，但是海上时常遇大蛟鱼阻拦，所以不能到达。请派弓箭手一起前往，见到大蛟鱼用连弩射击即可。”
秦始皇深信不疑。于是，下令入海时带足渔具，他也准备了连弩。海船由琅琊起程，航行了数十里，经过荣成山，再前行到芝罘时，果然见到大蛟鱼。当即连弩齐射，大蛟鱼中箭而死，沉入海底。秦始皇认为,此后入海寻仙，当可无虞。
令徐福再次渡海求仙药。徐福遂说服秦始皇，可派童男童女3000人及百工工匠、五谷种子，去求长生不老的药。秦始皇为了长寿，就欣然同意。徐福遂在齐郡黄县一带，筹集五谷、百工、弓箭手及数千名童男女，从黄县以北的沿海扬帆东渡，一去不复返。
也就在那一年，秦始皇在返回途中于平原津(今属德州)得病，至沙丘（今河北巨鹿东南）而死。而徐福“得平原广泽，止王不来，”世代相传，长养子孙，发展到数万人家。
平原广泽在什么地方？其说不一，但学界和民间多倾向于日本，徐福到过日本是历史事实。据日本通鉴载：“孝灵七十二年（秦始皇二十八年，公元前219年），秦人徐福来”。传说徐福等所居住的平原广泽就是日本的熊野浦，至今那里还有徐福墓。
综合以上可知，徐福第三次东渡除了3000童男女外，还有许多五谷种子与种种百工，这显然是一次有预谋的大规模海外移民之举。我们由此可以推想：徐福第一次东渡虽然没有寻到三神山，但是却找到了宜于居住的某平原广泽。后来，徐福为了得到五谷良种和掌握先进技术的百工匠人等，甘冒被秦始皇杀头的风险返回了琅琊。他利用秦始皇想得到长生不死仙药的致命弱点，再次骗取信任，载上3000童男女、五谷种子及大批技艺精湛的百工匠人等，东渡到了大海之东某平原广泽处。
史籍中最早记载徐福一事的是司马迁。司马迁在他的《史记?秦始皇本纪》中这样记载： “齐人徐 (福)等上书，言海中有三神山，名曰蓬莱、方丈、瀛洲，仙人居之。请得斋戒，与童男女求之。于是遣徐福发童男女数千人，入海求仙药。”后来的《汉书?郊祀志》和《汉书?伍被传》、《太平广记?徐福》和《十洲记》中也都记载了徐福入海采药的事。但都没有关于他的生卒年月的记载，也没有讲明徐福浮海到底到了何处。以致使后人揣度是台湾或者琉球，也有人说是美洲的，但大多认为是日本。
最初提出徐福东渡日本的是五代后周的一个和尚义楚，义楚撰有《义楚六帖》，其中《城郭?日本》最早明确记载徐福到了日本：“日本国亦名倭国，在东海中。秦时，徐福将五百童男，五百童女止此国，今人物一如长安……又东北千余里，有山名富士，亦名蓬莱……徐福至此，谓蓬莱，至今子孙皆曰秦氏。”
公元540年（日本欲明天皇元年，中国梁武帝大同六年），日本大藏长官调查，当时有“秦民”7053户。宋代文学家、史学家欧阳修和司马光也认为徐福东渡到了日本。在他们的文集中都有一首《日本刀歌》：“传闻其国居大岛，土壤沃饶风俗好。其先徐福作秦民，采药淹留为童老；百工五谷与之居，至今器玩皆精巧。”元、明史籍记载徐福东渡的也很多。明朝初期，日本和尚空海到南京，向明太祖献诗，其中就有“熊野峰前徐福祠”的诗句。
在日本的史籍文献中，关于徐福东渡日本的记载举不胜举。日本最早记载徐福东渡的，是1339年北昌亲房撰写的《神皇统记》。此外还有《异称日本传》、《林罗山文集》、《同文通考》、《日本名胜地志》、《日本史》等。早在宋元时代，日本熊野就有了徐福祠、徐福墓。日本学者奥野利雄先生考证徐福东渡后主要活动地域在日本九州、熊野一带。据《富士古文书》研究家铃木贞一先生的研究看，徐福是70岁去世的。
徐福率数千人到达日本，把中国先进的耕种方式、百工技术与习俗文化等带到了那里，使日本很快由新石器时代跃入铜铁器时代，或曰由渔猎经济的绳纹时代转变为农耕经济的弥生时代，水稻、蚕桑、药物等种植得到了推广，使日本得经济文化得到空前的提高。徐福因此被日本民间尊称为农神、蚕桑神、医药神。