当人们感到肚子饿时，说明吃饭的时间已经到了；当人们感到疲倦时，说明睡觉的时间已经到了。这便是生物时钟在人们体内作用的结果，它告诉人们什么时候该吃饭，什么时候该睡觉。即便在没有外界环境的影响下，生物时钟仍会试着帮助维持生命的规律动作。
为何只留一半清醒
我们大多数人每天睡7～8小时，而且都在夜晚入睡。这正是因为，人体内的生物钟按照自身的时间表不停地走，我们人体配合生物钟的节奏有规律地在活动时段活动，在休息时段休息。这里的休息时段指的是哪一段时间呢？
依赖视觉生存是猿类动物的特征。人类的祖先是类人猿，因此也具有“重视视觉”的生物特点，眼睛自然承担接收信息的重任。“重视视觉”的动物习惯在明亮的白天活动，在黑暗的夜晚休息。虽然夜晚并不是什么也看不见，但能见度降低给一些活动带来了很多不便而使活动受到很大的影响。
远古时代，夜行猛兽是人类的大敌。所以，人类渐渐形成避开猛兽的生活规律：在野兽休息的白日里活动而在野兽开始活动的夜晚躲藏起来休息。况且，因为夜晚时间较长，能在安全之地栖身，那么持续的睡眠就是最好的选择。猿类动物一般都能保持一段较长时间的睡眠，而其他动物则大都是短时睡眠。虽然其中不乏那些一天中大部分时间都在睡觉的“懒惰”动物，但猩猩、狒狒等动物都在晚上才睡觉。而人类又是这类动物中连续睡眠时间特别长的特殊动物。相对而言，生活在草原的狮子、长颈鹿等动物，它们的睡眠时间本身不长，且不是集中一次睡足。那些主要依赖嗅觉的动物如鼠、犬、狐等的睡眠时间又不一样，它们习惯夜间活动，白天休息，即所谓的“夜行性动物”。鸟类主要依靠视觉，属昼行性动物。也有的鸟儿因生存需要进而由昼行性转变为夜行性，例如猫头鹰，因夜间觅食需要，逐渐转变为听觉器官发达的夜行性动物。
由此可见，睡眠也不能一概而论。物种的不同，生活场所的改变，时间段的差异，都将影响生物体机能的长期进化。
人类的生物时钟也可以说就是人们每天的周期。尽管人们已经学会在24小时的周期下生活，但实际上在不加限制的情况下，人们是以一天25小时的周期在活动着。生物钟计时从早晨起床后开始，以此时为零点以25小时计算周期。假如第一天同第二天起床是同一个时间，那么第二天早上起床时实际时钟与生物时钟之间就产生一小时时差。在没有昼夜之分的情况下，一般人会倾向于“自由动作”，即通常保持清醒达20个小时，甚至更久，然后睡10～12小时。所谓“自由动作”正是在去除外在环境影响之后，用来观察一个人的生活周期。当然，在19世纪前，大多数人并没有这个概念。
虽然目前还无法确切指出生物时钟位于人体的什么地方，科学家已经可以借着测量体温和荷尔蒙的分泌来了解生物钟的功能。体温和睡眠的关系是生物规律中很有趣的一种关系。人们可以利用体温计记下白天或晚上每一个小时的体温并由此画下自己的单日周期。体温在一个人正常的上床时间前几个小时开始下降，在即将醒来的时候又逐渐上升。生物时钟比其他用来判断上床时间的讯息都来得准确，可以说是人体的“睡眠稳定装置”。
幼年的时候，由于大脑发育不完全，无法在生物钟的支配下形成睡眠，生物钟与睡眠的关系也还未形成。也就是说，即使有生物钟的功能，也并未在生物活动中表现出来。人类生物钟的基调是白天活动，夜间休息，休息时段的大部分时间安排睡眠。因为幼儿的这种生物钟功能还未体现，他们的生活还未受到生物钟的支配，只是短时间地重复清醒入睡的过程而已。生物钟支配功能的体现，大约要从出生后3～4个月才开始。而这之前的3～4个月的睡眠状况，对以后孩子睡眠会产生很大的影响。
由于物种不同，使生物钟支配功能的出现时间也有很大的差异。例如老鼠是在出生后10天左右出现，这时候开始基本能以一天为单位从事生物活动。而人类从出生到生物钟开始运作的时间相较之下就很长。
其实从一定程度上来讲，人们已经学会重新设定生物时钟。比方说，在行经不同时区的时候，人们可以大幅地调整生物时钟；每个春天和秋天，为适应日光节约时间人们会改变计划表。人们可以在3～10天内重新设定睡眠稳定装置，并开始正常的运作。但是我们的身体很轻易的采取前一天所设定的状况也正是说明星期一起床比其他几天偏晚的原因。
我们的生物时钟已经调整到较晚的起床时间，并且开始稳定的运作。另外轮班工作的人在他们工作时间被改变的第一个星期，须要费很大的劲来重新设定他们的生物时钟。
正因为人类属于昼行性动物，习惯了白天工作、游玩，晚上睡觉休息，但打乱这种循环，轻视睡眠，昼夜颠倒，将给人类带来无法估量的危险。无视生物学的规律，极可能导致生命异常。如果觉得“休息是浪费”而尽量压缩休息时间，或者认为“越用越灵”而使身心长期处于劳作状态，总有一天会遭到生物规律的报应，调查发现，因生物钟紊乱导致睡眠障碍的患者近来有增多的趋势。许多长期过着都市夜生活的人们，都有精神紧张压力过大的毛病。而这正是生活无规律惹的祸。都市生活的繁华与便利给人夜晚与白昼无甚差别的错觉，但是从生物学角度来看，这种生活却可能给大脑造成严重的伤害。相反，在风光宜人的田野乡村，人们日出而作，日落而息，回到了生物本应具有的自然状态，符合生物生存发展的规律，因此感觉舒畅自然。
生命是脆弱的。正因为如此，生物才会自然形成一半时间用来休息，一半时间用来活动的生存节奏。
早晨型和夜晚型
有人习惯早起早睡，有人习惯晚睡晚起。前者称为“早晨型”，后者称为“夜晚型”。
人为什么会有“早晨型”、“夜晚型”的区别呢？
人类是昼行性动物，日出而作，日落而息。但各人情况不同，因此在天亮后，有人会醒得早，有人会醒得晚。同样在天黑以后，有人睡得早些，有人则睡得晚些。“早晨型”和“夜晚型”只是生活习惯不同而已，无孰优孰劣之分。
造成这种习惯差异的原因在于生物钟起始的时间点不同。把生物钟的零点时间设定得较早的人为“早晨型”，相反的则为“夜晚型”。地球时钟也就是实际时间的零点在深夜12点，而人体生物钟的零点则是在起床时分。也就是说如果每天在早上6点起床的人，他的生物钟零点就是实际时间的早上6点，习惯上午10点起床的人，他的生物钟零点就在上午10点。
即便是同一个人，他的生物钟也会随环境变化而变化。并不是“早晨型”的人一辈子都是“早晨型”，“夜晚型”的人一辈子都是“夜晚型”。例如，日本和美国因为时差关系昼夜完全颠倒。在日本生活了很长时间的人如果移居美国，并不是非得按照在日本时的生物钟生活，可以通过调整生物钟零点设定改变起居时差，不消一星期就能完全适应美国时间的生活。因此，即使我们身处日夜完全颠倒的环境，也可以切换生物钟的零点指针。
人们也可以根据自己的需要，将自己的生活方式设为“早晨型”或设为“夜晚型”。想过早晨型生活，就注意早睡早起即可，想过夜晚型生活，开夜车睡懒觉即可。开夜车对于习惯早晨型生活的人或者早起对于习惯夜晚型生活的人来说，都是一件非常痛苦的事情。不过只要克服一下，生活方式仍然是可以改变的。
但也有例外。我们在沐浴阳光，与人交谈或者吃饭时，人体内的生物钟会意识到现在是早晨，于是开始一天的计时。但是，当一个生活很有规律的人被隔绝在黑暗中，并没有任何参照物告诉他是几点了，那么他的生活规律是没有办法维系下去的，而原因只是因为他没有任何可以设置生物中零点时刻的参照物。当今社会充满着人际交流与信息，所以这种情况基本上是不存在的。即使不与人说话交流，我们也不会失去时间感觉，广播、电视里的报时随时流动着时间信息。
尽管如此，无法调节生物钟的人似乎有增多的趋势。在人类文明不发达的时期，人们遵循日出而作日落而息的生活规律，即早睡早起的“早晨型”生活。而如今，却有更多的人习惯晚睡晚起的“夜晚型”生活。虽然生活方式的多样性可窥一斑。但现实社会的节奏并不容许生活方式多样性的存在。学校、公司基本上都是早上开始，傍晚结束。无论个人的起居规律如何不同，学校和企业的时间安排大致上是统一形式且一成不变的，无论你是早晨型的还是夜晚型的，只要身处某一组织中，就得按照统一的时间表安排起居生活。当生活失去规律，无法在规定的时间里做该做的事。体内接受不到设置生物钟零点时刻的信息，生物钟无法自由调节时，易产生焦躁不安的情绪和精神压力，成为睡眠的障碍。
如何拨正你的生物钟
前面曾提到，生物钟的一日比地球自转一日的时间要稍长一些。地球时钟为一天24小时，但是生物时钟却是一天25小时左右。人们日常如果一天24小时的周期生活。这与人体一天25小时左右的生物时钟周期，每天存在1小时左右的时差。为了适应地球时间规律，有必要调整人体的生物钟时间以弥补这一小时差距。不过，我们人体具备在日光刺激下恢复与地球时间同步的功能，因此晨起时无须特别的努力也能自然消除这一小时时差。
但是，对于盲人来说，就无法通过接受早晨的日光刺激消除时差了，所以日常生活就只能以生物时钟为基准，过着一天25小时左右的生活。按照单纯计算，每天时差1小时，12天后日夜将完全颠倒。在偏差小时，并不会感到什么不适，但活动时段与休息时段完全颠倒时，人体就无法承受了。
那些出生时就双目失明的人，他们的身体己具备一定的适应能力，但要长年累月调整生物时差，也是一件很苦恼的事。
消除时差的方法不只是日光刺激，与社会环境的接触，包括进食用餐，都有一定的调整功效。比如，早上即使没有食欲也定时吃早饭，那么这种行为就会向大脑传递“一天已经开始”这一信息，而生物钟在此时也将重新设定。
有人曾做过这样的实验，观察长期生活在黑暗洞穴中将会怎样。洞穴中的生活，因为可以无视地球自转昼夜循环的规律自由起居，生物体就可以完全按照生物钟的时间表过着一天25小时的符合生物自身规律的生活。
人们短时间在黑暗中生活，并不会有太大的影响，可是在北欧和阿拉斯加北部等地区，到了冬季只在中午时分能见到一些阳光，早晨不见太阳升起，午后天空便开始黑暗下来，住在这样长期不见日光地域的人们，他们的生活可能会出现这样那样的问题。因无法通过日光刺激调整生物钟，可能导致“冬季抑郁症”，引起睡眠障碍、精神抑郁、酗酒，甚至自杀。例如，在日本纬度较高的北海道，“冬季抑郁症”患者明显多于鹿儿岛、冲绳等南方地区。而那些住在赤道附近的人们，由于一年四季每天都是早上六点太阳升起，晚上6点太阳落山，他们的生物钟调节就相对容易得多，而且常年规律不变。