顾炎武认为，经学自有源流，自汉而六朝，而唐而宋，必一一考究，而后及于近儒之所著，然后可以知其异同离合之旨。如论字者，必本于《说文》，未有据隶、楷而论古文者也。他要人们离开用隶书和楷书写成的本子，而在先秦古文中讨根柢，也就是续接东汉的古文经学。具体说，他要求“读九经自考文始，考文自知音始。”也就是要人们从文字、音韵等“小学”开始，把哲学推到一边，先去研究语言文字学。
经他这么登高一呼，马上就有人响应，如费密便说：“即物穷理，格物致知，有何补于救世！岂古经之定旨哉？学者必根源圣门，专守古经，从实志道。”于是，一个“通经复古”的汉学思潮便逐渐兴盛起来。也因为这个缘故，顾炎武被清代的汉学家们尊奉为“开国儒宗”。
当然，顾炎武之倡导汉学，绝不止于复古，他的目标是经世致用。针对当时特殊的历史环境，他还提出了“博学于文，行己有耻”的口号。他说：“君子博学于文，自身而至于家国天下，制之为度数，发之为音容，莫非文也。”他之所谓“文”，亦有内圣外王之道在里面。“愚所谓圣人之道如之何？日：博学于文，行己有耻。自一身以至于天下国家，皆学之事也；自子臣弟友以至出入、往来、辞受、取与之间，皆有耻之事也。不耻恶衣恶食，而耻匹夫匹妇之不被其泽。士而不先言耻，则为无本之人；非好古而多闻，则为空虚之学。以无本之人而讲空虚之学，吾见其日从事于圣人而去之弥远也。”他不仅主张读书，而且主张实践：“人之为学，不日进则日退。独学无友，则孤陋而难成；久处一方，则习染而不自觉。不幸而在穷僻之域，无车马之资，犹当博学审问，古人之与稽，以求是非之所在，庶几可得十之五六。若既不出户，又不读书，则是面墙之士，虽子羔、原宪之贤，终无济于天下。”
他还说：“君子之为学也，非利己而已矣。有明道淑人之心，有拔乱反正之事，知天下之事之何以流极而至于此，则思起而有以救之。”并且表示，他的《日知录》就是为了“明学术、正人心，拨乱世以兴太平之事。”后儒也评价说，先生非一世之人，此书非一日之=仔也。魏司马朗复井田之议，至易代而后行，元虞集京东水利之策，至异世而见用。立言不为一时，录中固已言之矣。异日有整顿民物之责者，读是书而憬然觉悟，采用其说，见诸施行，于世道人心实非小补。如第以考据之精辟，文辞之博辨，叹服而称述焉，则非先生所以著此书之意也。可惜的是，由此而启的清代汉学思潮，多是只做考据而不能经世致用，实际上成为中国儒学史上的断裂带。如果按照顾炎武批评玄学和心学的逻辑，这该怪谁呢？
明朝末年，中国东南地区的资本主义经济因素有了相当的发展，逐渐影响着社会结构的变动。这种现实反映到意识形态领域，便表现为批判封建主义和呼唤新社会的理论倾向。在心学家中，何心隐和李贽皆有突出的表现。黄宗羲的师承来自心学，他又生活在工商业发达的浙江，这就使他批判旧社会和呼唤新社会的要求更为强烈。黄宗羲在学派上属于气学，在学术上对汉学思潮的笃实作风有所继承，同时还发扬了心学家的批判精神，这就使他成为明清之际非常特殊的一位儒学大师。
黄宗羲（1610～1695）字太冲，号南雷，人称梨洲先生，浙江省余姚县黄竹浦人。父亲黄尊素是当时著名的“东林党”名士。黄宗羲少年时即随父在京，深受其影响。他不仅从东林人物中学到了很多新知识，而且对明王朝的腐败和黑暗的社会现实有深切的体会。黄尊素在激烈的政治斗争中死于诏狱，给他以极大刺激。黄宗羲十九岁时，崇桢皇帝即位，魏忠贤伏诛，他便入京为父伸冤，“设祭诏狱中门”，哭声动于禁中，这场反宦官的斗争使他名扬朝野。兹后，他“愤科举之学锢人生平，思所以变之”，广泛阅读兵农礼乐、天时地利及人情物理等各种书籍，决心“开物成务”，多著“实用之书”。二十九岁时，宦官势力再起，黄宗羲又一次投入反宦官的斗争，他与数位青年作《南都防乱揭》，揭起东林后裔复社名士与保守势力作斗争的旗帜。这场斗争对坚定崇桢皇帝反宦官和支持太学清议发生了积极作用。明王朝灭亡后，浙江人民纷纷起来武装抗清，黄宗羲也集合黄竹浦子弟数百人参加了起义，被称为“世忠营”。这一斗争坚持了八年，终因复明无望而停止。
此后，黄宗羲把主要精力投入到著述和讲学之中。其政治学著作《明夷待访录》有《原君》、《原臣》、《原法》、《置相》、《学校》等二十一篇，猛烈抨击封建君主****，主张统一货币和工商皆本，提出了初步的民主政治要求，乾隆年间被列为禁书，后来对近代资产阶级革命产生了积极的影响。史学著作《思旧录》和《行朝录》记录了明亡的教训，深刻揭露了封建****的罪恶。《明儒学案》对明代的儒学作了详细的研究，成为中国第一部学术史专著。另有《孟子师说》和《易学象数论》则是他的哲学著作。黄宗羲在家治学其间，恢复了刘宗周的证人书院，四方请业之士日至，大江南北从者骈集。他讲学尽弃明人习气，要求受业者先穷经，兼读史书，主张“经术所以经世”。同时，他还保持与清政府不合作的态度，数次拒绝朝廷的礼聘，对后世知识分子产生了积极的影响。
黄宗羲政治思想的一个显著特点，是深刻地揭露封建君主****的罪恶，提出了对未来理想社会的设计。
黄宗羲对封建社会展开批判，首先把矛头指向了君主。他的著名观点是“为天下之大害者，君而已矣！”他指出，最初的君主不以一己之利为利，而使天下受其利；不以一己之害为害，而使天下释其害，而后来的君主却相反，他们屠毒天下之肝脑，离散天下之子女，以博其一人之产业。
敲剥天下之骨髓，离散天下之子女，以奉其一人之淫乐，使兆人万姓崩溃之血肉曾不异乎腐鼠。这样的君主，天下百姓“视之为寇仇，名之为****”，只能以俄倾之淫乐换来无穷之悲哀：远在数世，近者及身，其血肉之崩溃在其子孙。这实际上是对明统治者的罪恶及其可悲下场的真实写照。
据此，他提出了“天下为主，君为客”的国家主体思想。他认为，当初国家的主体是天下百姓，人人自由自在；后来，历史发生了颠倒，君主反成了国家的主宰，从此便天无宁日。他说，古者以天下为主，君为客。
凡君之所毕世经营者，为天下也。今也以君为主，天下为客，凡天下之无地而得安宁者，为君也。向使无君，人各得自私也，人各得自利也。他认为，国家治乱的标准“不在一姓之兴亡，而在万民之忧乐”，君主和臣民应该是平等的。君与臣，共曳木之人，名异而实同。臣之出而仕也，为天下，非为君也；为万民，非为一姓也。君授田以养民，应轻其赋敛。贵不在朝廷，贱不在草莽。关于君主的权力和义务，他说：“其知天下之不可无衣也，为之授地以桑麻之；知天下之不可无教也，为之学校以兴之；为之婚烟之礼以防其淫，为之卒乘之赋防其乱。以千万倍之勤劳，而己又不享其利。”这实际上是要统治者作人民的公仆。
他认为，明朝之所以无善治，一个重要的原因是高皇帝罢除了丞相。
所以，理想的朝政应该置宰相，以济天子之穷：“天下之大，非一人所能治，而分治以群工。”此外，他还主张赋予学校以近似议会的性质：“使治天下之具，皆出于学校。”他认为，大是大非不能由君主独断，而应提交学校讨论，所有国家大事学校都要一一过问。太学领袖与宰相等重，每月初一太子临幸太学，祭酒南面讲学，天子亦就弟子之列，政者有缺失，祭酒直言无讳。在郡县，则每月初一、十五两次学官讲学，郡县官亦就弟子列听讲，郡县官政事有缺失，小则纠绳，大则伐鼓号于众。这些想法颇具近代民主政治的性质。
关于立法和执法的问题，黄宗羲也有一套看法。他认为法有“天下之法”和“一家之法”两种。天下不可无养，天下不可无教，因而立“无法之法”。这种法的目的是维护百姓利益，非常简单。“法愈疏而乱愈不作”，虽说有法而实无法，可谓“天下之法。”考虑到天子祚命长短、子孙帝业恒暂，而立下一系列的法规以保其祚命和帝业，便是“非法之法”。这种法虽密如罗网，却“法愈密而天下之乱即生于法之中”，虽说是法其实非法，可谓“一家之法”。非法之法出于天子私意，利不欲其遗于下，福必欲其敛于上。这种法只能梏人手足，遗害天下。无法之法以天下百姓为怀，意在法外，执法之人好固然无事，即便执法之人坏也不致大害天下。
所以，治国之要在法而不在人，“有治法而后有治人。”
关于人才问题，他主张“取士也宽，用士也严”。先改革考试制度，趋天下之士于平实，使通经学古之人出，然后用科举、荐举、太学、任子、邑佐、辟召、绝学、上书等八种渠道取士，严格把关，严格录用。其中“绝学”，是指“历算、乐律、测望、占候、火器、水利之类”，政府考其果有发明，则使待诏，这是要把科学技术引入“大雅之堂”。“上书”则鼓励对朝政的直谏和著述的创新，有发扬民主、鼓励学术创造的倾向。在经济政策方面，他提出“工商皆本”的主张，要求鼓励工商业的发展。此外，他还提出“国家无养兵之费则国富，队伍元老弱之卒则兵强”的军事思想，主张振奋军威。
总之，《明夷待访录》中设计的理想社会，其中心是为天下百姓争取独立自由和私有财产及参与政治的权利，具有近代民主政治的色彩。
在黄宗羲的时代，儒学史上理本论、心本论和气本论皆已登场，这三种理论在明代都有集中的表现。明初是程朱理学的天下，明中叶以后又是心学的天下；在王阳明大倡心学的同时，王廷明也创立了完整的气学理论。，黄宗羲主持《宋元学案》的编篡，并且亲手写定《明儒学案》，不仅开创了系统编写儒家学术史的先例，也是对宋明各派儒学的思想内容和演变规律的深人反思和总结。黄宗羲儒学思想的最大特色，就是力图贯通和融汇理学与心学，并把它们确立在气本论的基础上。他所谓的理，是指气的条理和秩序；他所谓的心，是指气的功能和灵妙性质。气既是本体，也是主宰，理和心皆隶属于气，是气的规律和妙用。
在理气问题上，他认同罗钦顺的观点。他说：“盖先生之论理气，最为精确，谓通天地亘古今无非一气而已。千条万绪，纷纭胶葛，而卒不克乱，莫知其所以然而然，是即所谓理也。初非别有一物，依于气而立，附于气以行也。”他认为，盈天地皆气也。大化流行，只是一气充周无间。
天地间只有一气充周，生人生物。关于天地的主宰问题，他认为主宰者是气而不是理：“四时行，百物生，其间主宰谓之天。”而所谓的天，则“纯是一团虚灵之气”。若气不能主宰，何能春而必夏、必秋、必冬哉？草木之荣枯，寒暑之运行，地理之刚柔，象纬之顺遂，人物之化生，夫谁使之哉？皆气之自为主宰也。他的结论是：“理气之名，由人自造。自其浮沉升降而言，则谓之气；自其浮沉升降不失其则者而言，则谓之理，盖一物而两名，非两物而一体也。”理为气之理，无气则无理。盖以大德敦化者言之，气无穷尽，理无穷尽；不特理无聚散，气亦无聚散也。以小德川流者言之，日新不已，不以已往之气为方来之气也，也不以已往之理为方来之理；不特气有聚散，理亦有聚散也。实际上是用彻底的气一元论取代了理一元论和理气二元论。
在心物问题上，他主张心是气的灵性、妙性和功用，反对把心当成独立的本体。他说：“知者，气之灵者也。志即气之精明者是也。盈天地皆心也，变化不测，不能不万殊。心无本体，功力所至即其本体。故穷理者，穷此心之万殊，非穷万物之万殊也。”他以气为宇宙本体，但不把气看作是死寂之物，而是当作生机盎然、活活泼泼的机体，气无不在即是心无不在，宇宙是灵妙的，所谓穷理就是要穷尽气的聚散规律和灵妙之性。
“气未有不灵者，气之行处皆是心，不仅腔子内始是心也，即腔子内亦未始不是气耳。我与天地万物一气流通，无有碍隔，故人心之理即天地万物之理。故穷理者，穷此心之万殊，非穷万物之万殊也。”所谓穷此心之万殊，就是广泛研究天地间无所不在之灵气的各种信息变化，而不只是停留在万物之特殊性的表面。就是说，是要认识事物的内在本质，而不只是停留在现象的表面。
在批判总结宋明理学和心学的基础上，黄宗羲开创了注重当今史实和乡邦文献的清代浙东史学新风，成为清代“史学之祖。”他注重宇宙本体和心性论问题，但又不止于此，而是把它们贯彻于经术和历史之中，以期发挥实际作用。他的著名观点是：“经术所以经世，言性命者必穷于史。”
在他的学说中，文史哲是互济互补、完满统一的。诗文所以补史，经术则是对史的提炼和开拓。“先生之文章，本之经以穷其源，参之史以穷其委。”以史为根抵，以哲为极致，二者统一融洽以成文。在黄宗羲看来，学必原本于经术，而后不为蹈虚；必证明于史籍，而后足以应务。“元元本本，可据可依。”这是全祖望对他的评价。