对于痢疾的病因、病机及治疗的认识，历代医家均有论述，如清代医家汪文绮在《杂证会心录》中明确提出疫邪作痢之说：“邪毒入胃脘之上焦，则浮越于肌表，而恶寒发热；邪毒中胃脘之下焦，而走入大小肠，则剥脂膏为脓血而后重里急。”并强调：“盖天地不通之杂气，种种不一，而痢证疾速，亦杂气所中，病遍于四方，延门阖户，一人病此，人人亦病此，始也感受于天，继也传染于人，其为气所感召，正明验也。”论述了急性传染性痢疾的证候特征，治疗应用黄金汤解疫毒而救胃气。北京名医孔伯华指出：“滞下一证，中西医亦列为传染病之一者，名之曰赤痢。观丁氏保福赤痢原文，所论赤痢之症状暨原因，与中国方书所谓痢疾相符，但轻重混合，未能分晰，虽谓之为一种原虫寄生于腹，流行传染，害人生命，然又谓医者之意见尚未一定，而隔离看护同于温疫。”对于痢疾的治疗亦有精辟论述，如“痢病之原因多属湿热，虽以发于秋夏者居多。证属于脾，然肝主疏泄，肺主二便，气机通畅，肝气条达而不下迫，脾家虽有湿有滞，亦不成痢。故痢初起，责在肝脾肺三经，肝气既郁，肺气亦不清肃，湿滞在脾，是内有湿邪而作痢。伤于气者则痢白，伤于血者则痢赤。脉来滑数，后重里急，其痢白当清肺气，轻者银菊散，重者白虎汤去粳米加杏仁、厚朴、白芍、黄芩，如利小便加桑皮、地骨皮、滑石以利水；有表者而发寒热者，则加葛根以升发之。”银菊散方由银花、白菊花、连翘、生白芍、杏仁（去油尖）、桔梗、栀子（炒黑）、木香、牛蒡子、甘草组成，本方大部分药物可清热解毒、排毒。而对于慢性迁延性痢疾，亦在辨证的基础上，处处顾及毒邪，首先言明治痢之初禁补禁止，以防邪毒之留恋。在疾病治疗的过程中，应处处不忘祛邪解毒，表邪内陷之腹痛腹泻，以葛根芩连汤之芩连以解毒；正伤邪陷，以人参败毒饮以祛邪解毒外出；湿热内陷之红血泻痢，以芍药汤行气和血，芩连玉片解毒祛邪下行；寒热错杂之下痢，用乌梅丸，解毒杀虫以治痢。各方中可加蒲公英、夏枯草、炒银花清热解毒，败酱草清热消肿，薏仁排脓散结，可以取得很好的治疗效果。
