EM微贮秸秆饲料制作方法及操作要领如下：
（1）贮制容器的准备。可用水泥池、土窖、塑料袋和大型微贮窖等容器，也可用其他能达到压实、密封条件的容器进行微贮。
（2）EM菌液增活及菌液稀释。微贮1吨秸秆时，首先将营养糖液500毫升倒入5升温水中充分溶解，再将溶解后的营养糖液倒入装有25升的30℃左右的温水容器中搅拌，当容器中糖液的温度在30℃时，将2升的EM原液倒入容器中搅拌，待糖液与菌液混匀后，加盖保温，静置2～3小时增活。另在1 200升水中加入食盐9千克搅拌，使其彻底溶解，最后将增活后的菌液倒入1 200升水中搅匀备用。稀释后的菌液必须当天用完。
（3）秸秆切碎。将1 000千克秸秆切成3～5厘米长（牛用为5～8厘米）备用。
（4）秸秆入窖（装池）。在窖底（池底）铺放20～30厘米厚的切碎秸秆，均匀喷洒菌液，并按1%的量撒入大麦粉或玉米粉与麦麸配成1∶1的混合粉，搅拌秸秆并压实秸秆，直至使装料高出窖口40厘米，最后封窖。分层压实的目的是为了排除秸秆中的空气，为EM有效微生物群的繁殖造成厌氧条件。
（5）封窖。在秸秆分层压实直到高出窖口30～40厘米，再最后加力压实，上面均匀撒上食盐粉（食盐用量每平方米250克，以防上层秸秆发霉、变质），再压实后盖上塑料膜。薄膜上面再加上20厘米厚的秸秆，再覆盖上15～20厘米厚的土，密封窖顶。
（6）贮料水分控制与检查。水分含量和湿度是否合适是决定贮料质量的重要条件。在喷洒菌液与压实过程中，要随时检查秸杆的含水量是否合适，各处是否均匀一致。特别要注意层与层之间水分的衔接，不得出现夹干层。
（7）挖排水沟。秸秆微贮后，窖池内贮料会慢慢下沉，应及时加盖土使之高出窖口。简易土窖周围要挖排水沟，以防雨水渗入。