这是流行的政治用语，可要正确理解顶层设计，应该从哲学层面懂得“摸着石头过河”与“顶层设计”的关系。如果不摸石头，也就是说对实际情况不了解，则不能从实践中得出经验。不知深浅，贸然入水，弄不好会淹死。顶层设计不是处于顶层的人从头脑中想出来的规划，而是从实践中调查得出的关于全局的方案。摸着石头过河不是不要理论，每次过河时都是在摸不同的石头，而不是摸同一块永远不动的石头。因此，顶层设计也不是永远不变的设计，而是根据不同时期的实践经验进行设计、修改设计。正如毛泽东说的，“我们要建筑中国革命这个房屋，也须先有中国革命的图样。不但须有一个大图样，总图样，还须有许多小图样，分图样。而这些图样不是别的，就是我们在中国革命实践中所得来的关于客观实际情况的能动的反映”。
以为摸石头是基层的事，顶层设计是上层的事，彼此分离是不对的。领导不仅要善于吸收基层摸石头提供的经验，而且还要亲自去摸石头，才能做好顶层设计，这就是调查研究；而基层则需要在顶层设计指导下摸石头，才不会瞎乱摸。把顶层设计看成是政治精英们的事，把摸石头看成是基层干部的事；画大样的不必有实际经验，而实践者可以心中无全局，这种两者分离的做法，是违背实践论原则的。
智库当然属于精英，各种专业的精英。中国特色智库能为顶层设计的完善和政策研究提供智力支援。中国特色智库的成员，不是摇羽毛扇的诸葛亮式的人物。智库凝聚着集体智慧。若智库的参与者只有理论而无实践经验，只了解外国不了解中国国情和特色，便不可承担这个任务。中国特色智库具有专业知识，但还必须立足中国实际，放眼世界，面对中国问题，既有处于顶层那种高瞻远瞩的视野，又具有摸石头的实际经验。
毛泽东当年说过，“在担负主要领导责任的观点上说，如果我们党有一百个至二百个系统地而不是零碎地、实际地而不是空洞地学会了马克思列宁主义的同志，就会大大地提高我们党的战斗力量，并加速我们战胜日本帝国主义的工作”。毛泽东提出的这一任务，当代仍然有效而且迫切。此外，根据中国特色社会主义建设的需要，我们党还需要培养出一批兼具顶层设计与基层经验于一身的智库人物。你们是博士生，应该为建设中国特色社会主义贡献力量。如果你们中能出现中国智库式的人物，我一定感到无上光荣。