一九四九年元月初，胡琏在上海同济医院病榻上接到蒋介石手谕：“胡琏即着从速收容旧部恢复十八军。”胡琏受命于败军之际，六个月内即组成了新的十二兵团，下辖高魁元之十八军、刘云瀚之十九军、刘廉一之六十七军。十月二十七日，胡琏兵团之十八军、十九军及孙立人在台训练出的新军一部合力击溃进攻金门的叶飞部队一万五千人。十一月六日，胡琏兵团之六十七军又围进攻登步岛的七千多人。
1949年2月，胡琏被南京国防部任命为第二编练司令部司令，负责收集从长江以北溃败逃至江南的官兵，并补充新兵。第二编练司令部设在江西南城，得到当时的江西省主席方天的许多帮助。不久，便成立、重建和督练第十八军和第十军，由高魁元、刘廉一分别任军长。是年4月，解放军渡江战役打响后，代总统李宗仁要胡琏率部进驻大庾岭，胡对李的命令阳奉阴违，按兵不动，暗中却接受蒋介石的遥控指挥；5月中旬，南城解放，第二编练司令部改编为第十二兵团，胡琏任司令。1949年7月，****第十二兵团根据胡琏总司令“纵深防御、移动防御”的战略原则开始进行大规模的战略转移，1949年7月15日正午，分兵两路南下，成功摆脱了南下大军围歼第十二兵团的战略企图，于7月14日从江西进入广东兴宁，在石马镇稍事休整，接着进入梅县；在石马休整期间，兵团总司令胡琏曾在辛亥革命元老、同盟会嘉应州主盟人——“何子渊故居”光裕庐坐镇指挥部队达五天五夜，后因电话线路多次遭游击队破坏，而匆忙撤离石马。9月初，胡琏兵团撤往广东潮汕地区，旋从海上驻防金门。10月25日，胡琏第十二兵团与李良荣第二十二兵团，在金门西北角的古宁头村，成功阻挠解放军登陆金门，并取得金门战役的胜利。同年冬，胡琏被委任为福建省主席兼第十二兵团司令。1950年初，第十二兵团改为金门防卫军，胡琏任金门防卫军司令兼福建省主席及福建人民反共救国军总指挥。
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淮海战役中国民党１２兵团全军覆没，胡琏尚能率少部突围，足见其机巧。对于此等忠心耿耿之士，蒋介石还是乐于重用的，故以手令形式令国防部：“予胡琏以名义，配属三个军，并于新到的美援武器中，拨足其三个军的装备。”胡琏奉令担任第２编练司令部司令官，下辖第１０、１８、６７三个军，并指定由浙江、福建两省各拨新兵三万人，江西补拨新兵一万五千人。
胡琏在南京、杭州、南昌、武昌等处设置四个失散官兵收容站，收容１２兵团和其它部队的失散人员，一月之间，约有八九千人投效胡琏，遂编成第１１师，胡琏又召集原来18军的留守人员，加淮海战役前打仗受伤出院的18军伤病员，共计又有四五千人，用来完成其它各军、师的干部编组。不过当他向浙江省主席周岩和福建省主席朱绍良要求调拨新兵时，两人均称爱莫能助，胡琏只好到贫穷的江西征兵。
１９４９年４月，第２编练司令部所属三个军大致编成。接着胡琏又四处奔走筹措武器，但各军均以本身需求殷切予以拒绝。于是胡琏透过老关系四处征集，同时又在乱局中消灭了几股有意投向解放军的国民党残部，收缴其武器，七凑八凑，逐渐完成建制。
１９４９年中，胡琏所部恢复了１２兵团的番号，不过部队除了原有的老兵之外，乌合之众甚多。胡琏计划将主力置于闽、粤、赣当年共产党的老根据地，准备长期斗争。不过当解放军南下大军倾巢而来时，国民党国防部却下令胡琏北上南昌正面迎击解放军，胡琏认为此举无异以卵击石，拒绝执行此命令，反而率部南移，对外则谎称进攻南昌。意外的是，此时攻占南昌的刘伯承部队并没有把１２兵团放在眼里，而是掉头向西进入四川、贵州等地。１２兵团主力遂能捡回一条老命，幸运撤离并且集结于潮州、汕头等地。１０月间又移至金门。
1949年1月，该军残部在浙江江山重建第10军，由张世光任军长。下辖：第18、第75、第114师编制不变。该军此次重建后隶属第12兵团。5月，该军进行编制调整，原军长张世光调走，刘廉一接任军长。同时，撤消原第114师番号将第67军残部并入该军，缩编为第219师。此时，该军下辖第18师，尹俊任师长；第75师，萧圭田任师长；第219师（师长姓名不详）。同年9月，10军因兵员不足番号撤消，所部缩编为第18师后，与第18军第14师合编为第19军。
驻潮汕地区的第十二兵团（司令官胡琏）参谋长杨维翰
十八军二万多人军长高魁元（陆军中将）（同时兼任十二兵团副司令官）（年龄40岁）
十一师师长刘鼎汉少将辖三十一团、三十二团、三十三团（8000多人）
一一八师师长李树兰少将辖三五二团、三五三团、三五四团（8000人左右）
四十三师师长鲍步超少将辖一二七团一二八团一二九团（7500多人）
另有一个军部直属部队加强团、炮兵团和军文工队、医护队（含女军官30多人，女兵二百多人）
十九军二万余人军长刘云瀚（陆军中将）（同时兼任十二兵团副司令官）（年龄37岁）
十八师师长尹俊少将辖五十二团、五十三团、五十四团（8000多人）
十三师师长吴垂昆少将辖三十七团、三十八团、三十九团（6700佘人）
十四师师长罗锡畴少将辖四十团、四十一团、四十二团（6000佘人）
另有一个军部直属部队特务团、炮兵团和军文工队、医护队（含女军官20多人，女兵一百多人）
六十七军近两万人军长刘廉一（陆军中将）（年龄36岁）（新组建的部队）
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高魁元出任第十八军长
抗战胜利时，已经是18军军长的胡琏，把在六战区服务的高魁元给要了过来，并且让他接任了118师的师长。18军在胡琏的指挥下，充分发挥出攻守兼备的优势，在同日军、或是解放军的交手中，往往都能取得胜利，极少吃亏，这也使身为“五大主力”之一的地位更加巩固了。高魁元与胡琏的合作也是如鱼得水，十分愉快，一直到1947年10月，高魁元奉调整88师师长时，才与胡琏短暂的分开了。
徐蚌会战时，胡琏的18军全军覆没。当他身背数弹幸运的突围而出后，18军的重建工作自然就成为他的首要工作。对于继任军长的人选，胡琏很自然的想到了高魁元，于是高在胡的恳切邀请之下，离开了88军（整88师改称），到18军上任去了。在内战后期，高魁元的运气是不错的。早在就任整88师师长时，就避开了18军在徐蚌战场的覆没，这回他离开88军重返18军，又使他避开了88军在江防战役中的覆没。此后在金门，作为前线指挥官之一的高魁元，更是得到了他军旅生涯中的又一次辉煌，在与友军第19军等部的通力合作下，将登岛解放军全部歼灭。可以说，高魁元的贡献，对蒋家王朝能得以延续，有着深远影响，但同时也对中国长时期的分裂，负有不可推卸的责任。不管怎么去评价，至少高魁元对党国是尽到了应有的一份责任。
高魁元在台湾时期也是官运亨通，他先后担任过陆军总司令部政治作战部主任，陆军副总司令，总司令，参谋总长，国防部长等职，官至陆军一级上将，可谓是荣光倍至，深受士兵爱戴。他在陆军总司令任期内，曾下令将军便帽改为高耸的圆帽，使台湾军队的军容得到了一个革新。他在国防部长任期内，极力推动国防自主化的思想理念，对台湾的整军建军以及国防发展，都起着举足轻重的作用。台湾政府为了酬劳他在任期内功绩，特颁发青天白日勋章，以示嘉奖。
1980年11月，年届73岁的高魁元申请辞职，从此离开了他为之贡献一生的军队。他是国民党政权历史上年纪最大的国防部长，同时也是任期最长的国防部长。晚年的高魁元一直过着隐居生活，同他的家人享受天伦之乐。作为历史的见证人，他仍旧健在，并且是黄埔前四期中唯一还活着的一位，如今已104岁矣。
李运成最突出的表现，就是在1949年指挥第五军和高魁元指挥的第十八军、沈向奎指挥的第二十五军，成功地组织和瓦解了人民解放军解放大金门、小金门的战役，史称“金门岛登陆战”。
金门岛登陆战，在解放战争战史上的地位实际只是一次师级规模的登陆作战，还谈不上战役规模，确切的说是人民解放军在进军福建期间厦漳金战役中的一次战斗。但金门岛登陆战是解放战争史中人民解放军成建制损失最大的一次战斗，其深远的影响程度，却远非普通的一场师级规模战斗可比，这次登陆作战为尔后人民解放军的渡海登陆作战提供了非常宝贵的经验。
大金门岛位于厦门岛以东约十公里，北面与福建大陆的距离也是约十公里，面积约一百二十七平方公里，全岛形如哑铃，东西宽约十六公里，最窄处为岛中部蜂腰地带，宽仅三公里，南北长约十三公里，金门县城位于岛西部。岛东半部为山地，山高岸陡，又多礁石，不易登陆；西半部则是相对较为平坦的丘陵地带，尤其是西北部海岸是泥沙质海滩，是登陆的理想地区。
在1949年6月以前，国民革命军还根本未曾在金门岛上设防，甚至没有部署一兵一卒。直到6月中旬，国民党厦门要塞司令部才成立金门要塞总台，开始在岛上构筑工事铺设通信线路。1949年8月起，随着福建战事的发展，国民革命军开始逐渐增强了金门的防御体系。10月22日，金门岛登陆战前夕，国民革命军守备情况如下：大金门岛东部由十八军军长高魁元指挥十八军十一师主力和二十五军四十五师防御；大金门岛西部由二十五军军长沈向奎指挥二十五军四十师残部和二○一师防御；小金门岛由第五军军长李运成指挥第二○○师和第十八军十一师三十三团以及从厦门逃出的第一六六师残部防御；第十八军一一八师(位于琼林地区)和战车营两个连为机动部队。所有金门地区部队由第二十二兵团司令李良荣统一指挥。国民革命军在海岸西北部，在原有工事基础上，大力加修野战工事，布设大量障碍物，并在水际滩头布设了七千余枚地雷和八百余枚水雷。
人民解放军攻占厦门后，人民解放军第十兵团部要求所部第二十八军于10月20日向金门岛发起攻击。第二十八军领受作战任务后，以副军长肖锋和政治部主任李曼村组成前线指挥部，统一指挥该军八十二师全部、八十四师二五一团、第二十九军八十五师二五三团和二十九军八十七师二五九团共六个团攻取大金门，并开始战前准备。但是由于船只大多已被国民革命军带往金门，而当地刚解放，船民担心人民解放军为作战而征用船只会导致船只损坏，所以并不配合，很多人隐藏船只，甚至故意损毁船只。因此船只搜集非常困难，到10月20日总共才搜集到一百多条船，远远不能满足一次运送六个团的要求。在这样情况下，兵团指挥同意了第二十八军的请求，将攻击发起时间推迟到10月23日。
10月24日上午9时，人民解放军参战部队开始进行登船准备。晚18时，天色已经全黑下来，攻击部队第一梯队开始登船，由于国民革命军飞机的袭扰，人民解放军登陆部队的船只无法集中在一起，只能分散在三个地方，所以部队也是在三个地方分别登船。运载登陆部队的船队先在大嶝岛海面会合，再向金门航行。起初，航行还是较为有序，随着海上逐渐刮起三、四级大风，而船只又是临时编组，船工也多来自福州、泉州，对金门航道不熟悉，加上通讯联络不畅，海上航行时的联系主要依靠灯光，船只队形逐渐开始紊乱，各部只能各自为战。
10月25日凌晨1时许，金门岛登陆战拉开了序幕！下午2时，人民解放军二四四团开始登陆，由于登陆时东北风正盛，大多数船只的登陆位置都比预定地点偏西，而且因为船只各自为战，队形散乱，根本无法成建制地集中登陆。二四四团于下午1时40分左右在后沙、垄口至观音亭山一线登陆，其中只有一营、三营和团部虽然登陆点偏西，但至少还在团登陆地区内，而二营则大大偏离预定登陆点，在古宁头以东的林厝、安歧一带登陆。
在人民解放军二四四团登陆后不久，二五一团也开始登陆。该团的第一梯队第一、三营在金门岛西北部安歧以北、林厝以东顺利登陆，虽然由于船只分散，部队登陆比较分散，但伤亡并不大。而第二梯队第二营在登陆时遭到猛烈炮火拦阻，很多船只中弹沉没，还未登陆全营伤亡就几近三分之一，很多弹药都随船沉没。
各部队登陆之后，均根据战前“有几个人打几个人的仗，不等待，不犹豫，向里猛插”的战术思想指导下，奋勇向纵深突击。天大亮以后，登陆部队遭国民党坦克群攻击而严重受挫，被迫从抢占的高地，先后撤向海边古宁头阵地。国民革命军在黄昏前又投入许多兵力向古宁头发起攻击，意图一举消灭人民解放军登陆部队。结果攻击被打退，国民革命军也伤亡惨重，只好转入休整。
10月25日晚～26日天亮前的一夜，是最后决定金门岛战斗命运的关键一夜。国民革命军也认为这是他们最危险的一夜。因为经过整天激战，国民革命军包括胡琏兵团第十九军援军在内所有的控制部队都投入了反击战场。
10月25日，人民解放军二四六团团长孙云秀率领八十二师二四六团三百名战斗骨干，全部配备自动武器，乘坐竭尽全力才搜集到的三只船，在夜里21时从大嶝岛出发，于26日凌晨在古宁头以东海滩顺利登陆，迅速与岛上部队会合。同时，在沃头的二十九军八十七师二五九团千方百计搜集到几条帆船，由三营代理营长梅鹤年带领从全营挑选出的两百名战斗骨干，于天黑后从沃头起航，由于风向有一艘船折回，其他船只上的一百多人顺利登陆，与岛上部队会合。
25日夜晚～26日凌晨，金门岛上的人民解放军登陆部队，不顾一整天苦战的疲劳，又发挥夜战的传统，展开了反击，以一小部袭击金门县城，主力在岛西北夺取了国民革命军的部分阵地，天亮前又推进到林厝、浦头一线。26日天大亮后，经过休整的国民革命军又集中主力，在海空军和坦克掩护下，向古宁头、林厝、浦头一线猛烈反扑。人民解放军凭藉石屋、阵地及高地，顽强抵抗。台湾方面的战史也不得不承认，在26日上下午的战斗中，国民革命军几乎每攻占一处阵地和一座房屋，都要付出很大伤亡。至中午12时以后，林厝失守，岛上的人民解放军部队大都退守于古宁头。
10月26日晚间，据守古宁头的人民解放军经两昼夜苦战，已经难以支持。登陆所携带的弹药早已耗尽，缴获及从战场敌军尸体上搜集的弹药已基本打光，干粮已吃完，多数人是忍饥苦战。26日午夜，古宁头的人民解放军剩余部队乘夜突围，先向北突至海边，没有找到船只，又向东南突围进入山区。27日上午，金门岛西北方向枪炮声仍不绝于耳。人民解放军剩下没有突围的少数人还坚守在古宁头以北的地堡之中，并有部分人员在古宁头村内据屋抵抗。国民革命军只得逐屋搜索攻击，才解决战斗。随后，国民革命军又向古宁头附近的北山海边发起攻击，军舰也绕到古宁头北面的海上，用舰炮向地面炮火射击不到的死角轰击。在海陆夹攻下，至27日上午10时，历时两天半的金门战斗基本结束。
从古宁头突围到岛东南山区的人民解放军剩余部队，因岛小地窄，在几万国民革命军的搜索下难于回旋与隐蔽。据后来得到的消息证实，第二四六团团长孙玉秀在沙头附近被包围，拒不当俘虏而自杀。第二四四团团长邢永生因重伤在东山沟被包围，被俘后牺牲。第二五一团团长刘天祥牺牲后，政委田志春率五十多人打游击，因弹尽粮绝被俘。第二五三团政委陈立华在打游击中阵亡。第二五三团团长徐博，在太武山的山洞中藏了一个多月，靠夜间出来到农田里挖蕃薯维生。国民革命军金门战场指挥高魁元，在俘虏中查不到徐博的活人，也遍岛寻不见死尸。高魁元不相信徐博会泅水逃回大陆，乃派兵反复搜山才将他找到。总结金门岛登陆战，人民解放军军失利的原因主要有两个方面：
首先，各种准备工作不充分。不仅船只数量不能满足需要，而且绝大部分船只是以风力为动力的木质船，连稍具现代化色彩的机帆船都少得可怜。船工都是临时征集的，船工不了解所驾驶的船只，很多船工是泉州、福州人，不熟悉航道与潮汐，船只与船只之间也相互不熟悉，部队与船工之间就更谈不上默契。火力准备也不足。人民解放军此战只有八十门七十五毫米和一○五毫米火炮，隔海担负火力支援，口径小，射程远，观测和通信都很落后，难以发挥作用，而伴随登陆部队的重武器更是屈指可数，面对国民革命军的坦克一筹莫展。
其次，情报判断错误、登陆时间、地点不当。人民解放军第十兵团对于胡琏兵团的走向捉摸不清，而早在10月10日攻占大小嶝岛的战斗中，就已在俘虏中发现国民革命军胡琏第十二兵团十八军十一师的官兵，二十八军将这一情报上报兵团，但人民解放军兵团指挥认为是俘虏的谎报，并不相信。就在攻击部队登船之时，第十兵团已经确切知道胡琏兵团已在大金门登陆一个团，在小金门登陆五个团，虽然时间晚了一些，具体情况也有些出入，但是胡琏兵团开始增援金门已是不争的事实！而第十兵团担心胡琏兵团增援金门后，增加作战困难，企图抢在胡琏兵团主力登岛前攻取金门。
此外，10月25日是一年中的大潮之日，当天最高潮在凌晨2时零4分，而人民解放军登陆时间恰恰在凌晨2时左右，虽然可以利用高潮使船只尽量靠近海滩抢滩，但却埋下了如果不及时返航一旦退潮之后就会搁浅的巨大隐患！登陆地点虽然是金门岛最适宜登陆的西部和西北部地区，但这一地区也正是国民革命军的重点设防之处。
正是由于轻敌与急躁，才促成人民解放军第二十八军在船只准备严重不足、火力不足、潮汐不明、敌情不清的情况下就仓促发起攻击，因而以失败告终。