川渝地区是长江上游水土流失综合整治和生态防护林体系建设的重点实施区，也是天然林资源保护和退耕还林还草工程的率先实施区。两地政府必须共同争取国家加大对长江上游地区生态环境建设的投入和建立生态补偿机制生态补偿机制，就是由经济区内的长江上游污染企业给下游受害市民经济补偿；同时因上游保护有效使下游生态环境保持良好，也将给上游以补偿。，在长江上游长期实施天然林保护、退耕还林、防护林体系建设等工程；共同实施污染物排放总量控制制度，按资源承载力和环境容量进行产业和重大项目布局；建立长江上游联防联治的水环境管理机制，开展环境监测合作。
成渝经济区的生态环境保护，要强调正确处理生态建设、环境保护、资源节约与经济社会发展的关系；同时要结合国家主体功能区规划和重庆、四川两省市主体功能区规划，经济区内应根据不同功能板块，综合统筹经济区内的开发强度，进行合理的城镇布局和产业布局。重视长江上游水体的保护，包括长江上游支流水体保护。目前，长江进入重庆段时已经是Ⅲ类，而按要求，长江在重庆段和流出时必须达到Ⅱ类，形势非常严峻，成渝经济区内要采用统一环境保护标准和产业准入标准，大力发展循环经济，严格控制长江上游的污染排放，建设长江上游生态屏障。建议对长江上游流域所有支流全部纳入规划保护范畴，包括乌江流域。
一、着力开展成渝经济区生态环境的保护、恢复与建设
（一）实施天然林资源保护工程停止天然林采伐、营造生态公益林、林业企业转入天然林资源保护和植树造林轨道、确保林业企业离退休人员养老基金和下岗职工基本生活费的发放，并严格依法治林。
（二）实施退耕还林还草工程
采取退耕还林、封山绿化、以粮代赈、个体承包等政策措施，由国家无偿向农民提供粮食、现金补助和造林苗木，有计划分步骤地退耕还林还草。
（三）实施自然保护区建设工程
加强对现有自然保护区的建设、管理和保护，并新建一批自然保护区，通过保护有典型意义的森林、草地、湿地等自然生态系统、珍稀濒危野生生物、自然遗迹等，维持生物的多样性，保证自然资源的可持续利用和生态环境的良性循环。
二、加强成渝经济区环境污染监测与治理〖1〗（一）推进环境监测预警体系建设对区域内水环境、空气质量、声环境、污染源逐步建立监测体系。
（二）加强对三峡库区环境的保护与治理
以县为单位，以小流域为基本单元，重点开展水土流失综合治理，开展生态恢复重建和土地复垦，综合治理水土流失和生态环境；加快推进重点城镇污水处理工程、次级河流综合整治工程、工业废水治理工程、生活垃圾无害化处理工程、危险废物处置利用工程、工业废固资源化建设工程等，进行环境保护；加快实施以重庆主城区和三峡库区沿江城市和主要交通干线沿线为重点的地质灾害防治工程，进行地质灾害预防。
（三）加强对成渝经济区城市集中区大气污染的治理
由于成渝经济区内能源消耗以火电为主，尤其是高硫高灰的原煤对城市空气影响很大，加之机动车数量快速增长等导致城市二氧化硫、粉尘等严重超标，重庆主城属于全国酸雨污染重点地区，空气治理刻不容缓。
（四）加强城市污水治理
加大投入解决部分城市排污管网建设不配套问题、雨污分流问题以及污水处理厂运营缺乏后续资金支撑等问题，使污染治理真正落到实处，治污设施实现可持续运行。
（五）加强农村污染控制
开展生态县建设，发展绿色食品、生态食品，进行土壤污染防治示范，建设农业面源污染防治示范区，实施规模化养殖畜禽粪便集中处理工程。