永历四年六月，郑成功军队行抵潮州，由于郝尚久拒绝郑成功的“联军”请求，郑成功便以郝尚久立场“不清不明”为由，出兵击之；郝部不敌，退守府城，揭阳、普宁、惠来等县尽入郑军之手。不久，清军再次攻入广东；郝尚久背腹受敌，负气降清，引清军入潮州城以抗郑军。郑军围困潮州城三月不克、士气低落，又面临粮饷接济问题，只得于八月解潮州围退回闽南。
同年，郑成功接收了其族叔郑彩、郑联大部分的部队，取得厦门、金门作为根据地。十一月，清平南王尚可喜、靖南王耿继茂率数万铁骑攻入广州；郑成功奉敕南下勤王，令叔父郑芝莞留守厦门。十二月，郑成功抵广东揭阳，与郑鸿逵会师；两人商讨后，决定由郑成功继续率军南下勤王，而郑鸿逵则移师往厦门协防。同年，鲁王朱以海在阁部曾樱等人陪同下，来到厦门投靠郑成功，被安置在金门。
永历五年二月，郑军舰队于盐州港附近遭遇风暴，此乃郑成功本人于海上遭遇最大的一次凶险。而清福建巡抚张学圣得知郑成功的主力军队已经前往广东，厦门防务松散，似有可趁之机；乃命令马得功、王邦俊等趁虚攻击厦门。面对清军来袭，负责厦门防务的郑芝莞未战先怯，只顾著将财物搬运至私人船上逃亡；使得清军相当轻松就攻破厦门，并将郑家的积蓄、装备掠夺一空。
清军侥幸偷袭得逞之后，却没打算留在厦门与郑军决战，于是满载战利品即返回内陆。不久，郑成功于广东得知了厦门遭袭击的讯息；原本他仍坚持继续南下勤王，但终因上下将士思归，哭声遍闻，乃不得已班师回厦门。
同年五月，郑鸿逵麾下大将施琅因叛变事泄擅自处决郑成功部将曾德，郑成功以此为由欲诛施琅全家。施琅虽在友人帮助下逃脱，但父亲、胞弟均被处死。从此，施琅与郑成功结下大仇，决定再度降清。
这是郑成功眼中施琅降清的全过程，而在施琅眼中，事情绝非如此。永历五年，施琅在清军登上厦门岛形势极为严峻的时候，曾经率领部卒数十人奋力作战；郑成功回到厦门论功行赏，奖给白银二百两。表面上是赏罚分明，可是，郑成功对施琅的傲慢跋扈却怀有戒心。尽管郑成功肯定了他在厦门迎战清军的功绩，却不肯归还他的兵权。施琅在广东时曾经委婉地提请郑成功注意主力西进后后方兵力单薄的危险，郑成功听不得不同意见，解除了他的兵权。在施琅看来，自己在总的用兵策略上提的建议已经被事实证明是正确的，遣回厦门以后又不顾个人安危，奋勇同清兵作战，满心以为郑成功班师归来将恢复自己的左先锋职务。不料，郑成功回到厦门以后，并不让他官复原职。施琅大为不满，向成功报告自己心灰意懒，想去当和尚，借以探测成功对他的态度。郑成功不为所动，叫他另行募兵组建前锋镇。施琅见难以挽回，一气之下剃光头发，不再参见郑成功。