武帝“御驾亲征”之前，留下自己的四弟朱聿粤在福州留守。隆武二年八，福州陷落，朱聿粤仓惶乘船逃往广州。不久，隆武帝死讯传出。十月，瞿式耜、丁魁楚等人在肇庆拥立永明王朱由榔（即后来的永历帝）于肇庆“监国”。
隆武朝的大学士苏观生与丁魁楚素有过节，福州陷落时他正在广东募兵，出于个人恩怨，他提出“兄终弟及”之说，于十一月在广州拥立朱聿粤为“监国”。三天后，就举行登基大典，改元绍武。不到半个月，永明王也在肇庆称帝，改元永历。隆武帝时就有鲁王朱以海称监国，至此，南明再次出现二帝并存的局面。
清兵铁骑步步逼近，大敌当前，南明众臣仍未吸取灭国的教训，不断重蹈明后期的积习，互结朋党，各援党系。最为可叹的是，苏观生还下令杀掉永历朝的来使，激得永历帝派兵部右侍郎林佳鼎举兵“讨伐”，同时，绍武帝也派陈际泰向肇庆出发，旗号也是“讨伐”。
十一月底，两支南明“讨伐军”相遇于广东三水，永历军先获胜利，攻杀八百多绍武兵，陈际泰狼狈而逃。林佳鼎得意忘形，挥军直杀广州而来。绍武帝一下子着慌，苏观生倒有主意，他派林察率数万海盗（现已招安为绍武军）前往迎敌。林察与林佳鼎本是旧相识，就派人诈降。林佳鼎信以为真，置林察兵于不顾，径自带领战船追击往海口方向窜逃的绍武残军。林察所率的昔日海盗个个勇于海战，又富于经验，暗中设伏，突然向永历军船施放火器，永历军大惊溃败，不是被水淹死、被火烧死，就是被自家明军杀死，林佳鼎本人也受炮击，死无全尸。永历军只有三十余骑人马逃出此厄。
“窝里斗”中大获全胜，绍武帝飘飘然，自以为“天授帝位”，开始搞那套郊天、祭地、幸学、阅兵的花架子。君臣上下，又大肆封赏，胡乱赐官，究其实也，他只是广州一个城的“皇帝”而已，“七门之外，号令不行”[引用自黄宗羲《行朝录》。]。
永历、绍武两军在海口血战之际，李成栋、佟养甲的清军已在汉奸辜朝荐[潮州人，退休明官。]带领下攻取漳州，又袭取潮州，并诱降大盗陈耀，攻克惠州。李成栋的清军一路上最大的障碍是山路崎岖的天险，真正来自南明官兵的抵抗几乎没有遇到。每当李成栋挥师兵临城下，南明守军就城门大开，府县守官拿着簿册恭谨献降。为了麻痹广州的绍武帝和苏观生，李成栋还让各地官员书写信件送递广州，报告说没有任何清兵到来，致使广州的绍武君臣相安泰然，自以为没有任何迫近的危险。
隆武二年十二月，李成栋派三百精骑兵从惠州出发，连夜西行，从增城潜入广州北。清军十多人化装成艄公，从水路大摇大摆乘船入城，然后上岸，直到布政司府前他们才在众人面前掀掉头上包布，露出剃青前额的满人发式，挥刀乱砍，大呼“大清兵到！”
“鞑子来了！”一句惊呼，满城皆沸，百姓民众争相躲避。此也南明一怪，能征善战如李自成的“大顺军”，杀人如麻如张献忠的“大西军”，即使是出生入死、血斗冲杀无数的明军勇兵武将，只要一声“鞑子来了”，个个亡魂皆冒，立时溃散。
绍武帝正和苏观生等人在国子监“视学”，忽然有卫士急报清兵入城。苏观生大怒，心道昨日潮州还有信报说一切无恙，今天怎么会有清兵来此！他挥手让左右杀掉报信卫士。
入城的清兵很快杀掉广州东门守卫，大开城门，数百清兵策马冲入，大红顶笠满街驰奔。绍武君臣这才知道清兵真的杀到，无奈大兵都西出和永历军交战未返，宿卫禁兵也一时召集不全，一时间作鸟兽散。
情急之下，绍武帝易服化装外逃，但最终在城外被清兵抓住，关押在府院。李成栋这次既没下令屠城，也没有立刻杀掉绍武帝，还派人送食物饮水给绍武帝。这位平素昏庸无能的绍武帝此时倒是彰显了铮铮铁骨，坚拒不受，道：“我若饮汝一勺水，何以见先人于地下！”夜间，趁守兵不备，朱聿粤用衣带自缢而死，和他哥哥一样，做到了“国君死社稷”。
射死一帝，又生擒一帝，至此，李成栋的灭明之功臻至高峰。