1988年8月，中央政治局讨论并原则通过了《关于价格、工资改革的初步方案》。在通货膨胀日益严重的情况下，没有考虑群众的承受能力，就宣布加快价格改革，在群众中造成了恐慌心理，触发了1988年下半年全国性的抢购风潮。抢购风潮之后，出现的是更加严重的通货膨胀，如果不采取坚决有力的措施，改革10年的成就很可能因对物价上涨的反感情绪而毁于一旦。更为严重的是在通货膨胀的背后大大小小的“官倒”横行，混水摸鱼。
中共中央政治局及时地分析了形势，于1988年9月26日至30日召开了十三届三中全会。会议认为，我国正处在新旧体制转换时期，不理顺价格就谈不上真正确立新经济体制的基础，但深化改革又不仅仅是一个价格改革问题，而是多方面的综合改革，为了创造理顺价格的条件，把改革的风险减少到最低限度，必须在坚持改革、开放总方向的前提下，认真治理经济环境和整顿经济秩序。会议指出：我国当前经济形势存在的困难和问题不少，突出的是经济生活中出现了明显的通货膨胀，物价上涨幅度过大。造成这种情况的根本原因是经济过热，社会总需求超过总供给。总需求超过总供给，是多年积累下来的，在新旧体制转换时期还不可能从机制上解决这个问题，这就更需要从工作上加强管理和控制。我们必须充分认识到坚决遏制通货膨胀这个问题的重要性和紧迫性，当机立断，下最大的决心，把明后两年改革和建设的重点突出地放到治理经济环境、整顿经济秩序上来。所谓治理经济环境，主要是压缩社会总需求，抑制通货膨胀。主要措施是压缩全社会固定资产投资；控制消费基金的过快增长（尤其要坚决压缩社会集团购买力）；稳定金融，严格控制货币发行；降低工业增长速度等。整顿经济秩序，即整顿在新旧体制转换中出现的各种混乱现象。首先要刹住乱涨价风；其次要整顿公司，政企分开，官商分开，惩治“官倒”；第三要尽快确立重要产品的流通程序；第四要加强宏观监督体系。
实现治理整顿所要达到的目标是：（1）消除经济过热，把发展速度降到比较合理的水平。（2）遏制通货膨胀，使1989年物价上涨幅度明显低于1988年，1990年以后的上涨幅度进一步下降。（3）压缩固定资产投资规模，使它同国力承担的可能相适应，控制消费基金的过快增长，使它同国民收入的增长相适应。（4）逐步缓解社会总需求大于总供给的矛盾，实现财政、信贷、物资、外汇的基本平衡。（s）认真调整经济结构，使粮、棉、油等主要农产品的产量有较多增加，使能源、交通、原材料供应的紧张情况有所缓和。（6）建立、健全必要的经济法规以及宏观调控体系和监督体系，积极推进社会主义商品经济新秩序的建设。
十三届三中全会后，围绕着“治理整顿”这一中心，党中央、国务院和各级政府接连发出了一系列的通知、决定、条例，为治理经济环境，整顿经济秩序做了大量的工作，到1991年取得了明显的成效，基本达到了预期的主要目标：（1）过热的经济明显降温，经济基本恢复正常增长。治理整顿前的1985年至1988年，国民生产总值平均每年增长10.7%，工业总产值平均每年增长17.8%。经过治理整顿，近三年国民生产总值平均增长5.4%左右，工业总产值平均为10%左右。经济增长速度已基本恢复到与现有经济条件相适应的正常增长水平。（2）供求失衡矛盾明显缓解，通货膨胀得到控制。1985年到1988年，社会总需求超过总供给（按上年价格计算）的平均差率为11.8%。近三年平均为8%左右，已处于基本正常范围。全国零售物价总水平比上年的涨幅，1989年回落到17.8%，1990年回落到2.1%，已进入各方面可承受范围。（3）市场供应充足，秩序明显好转，居民消费心态趋向正常。（4）基础产业得到加强，产业结构“瓶颈”矛盾有所缓解。一是农业生产连续两年获得丰收，粮、棉、油、糖等主要农产品产量有不同程度增产。二是基础产业与国民经济增长之间的比例失调状况得到一定改善。1989年至1990年，工业与农业增长速度之比由1985年至1988年的4.34：1改变为1.55：1，工业与能源增长速度之比由3.36：1改变为1.95：1，工业与运输邮电业增长速度之比由1.32：1改变为1.19：1.三是基础产业投资占固定资产投资比重上升，增量调整进展较大。1990年和1988年相比，全民所有制固定资产投资增长5.6%，而基础产业的投资增长均快于全部投资增长，所占比重提高。1991年以来继续保持这种好的调整形势。（5）进出口贸易由逆差转顺差，国家外汇储备大量增加，对外开放取得新进展。1990年，我国对外贸易实现顺差，改变了1984年以来连续逆差的状况。国家外汇结存不断增加。到1991年6月底止，国家外汇储备已上升到330亿美元。1989年至1990年，我国实际利用外资203.5亿美元；1991年上半年，实际利用外资49亿美元，比上年同期增长3.1%。特别是这一时期吸收外商直接投资取得较大进展，从1989年至1991年上半年，全国批准的外商投资企业达18083家，外商实际投资额达85.4亿美元。（6）流通领域的混乱现象得到初步整顿。到1990年底，全国已撤并公司10万多个，占原有各类各级公司总数的35.2%；党政机关办的公司多已撤销或同机关脱钩，机关干部在公司兼职或任职问题已解决。（7）人民继续得到了实惠。1990年城镇居民实际人均生活费收入比1988年增长5.2%（1991年1-9月比上年同期增长8%）；农村居民实际人均纯收入增长0.2%（1991年1一9月农村居民人均现金收入比上年同期增长7%）；城乡居民储蓄存款增加3233亿元（1991年9月末又比年初增加1619亿元），平均每年增长36%，手存现金和购买债券也不同程度地增加。（8）宏观调控手段趋向多元化，积累了宝贵的经验。在治理整顿期间，我国宏观调控经历了由行政手段为主向以价格、利率、汇率、税率等经济杠杆和必要的法律法规为主的转变，取得了良好的效果，较好地体现了计划经济与市场调节相结合的原则。治理整顿同深化改革是统一的。在治理整顿期间，根据需要和可能，国家先后对能源、原材料、运输、农产品等基础产品价格和服务项目价格进行了较大幅度调整，对缓解购销倒挂矛盾、减轻财政负担起了积极作用。这几年价格改革步子大，效果好。外贸体制改革取得了突破性进展。大多数国营企业实行了第二轮承包。农村双层经营体制改革不断完善。与此同时，在金融、财税、社会保险、住房、医疗等方面积极进行改革试点工作，取得了一定成效。