1988年10月3日，中共中央、国务院作出了关于清理整顿公司的决定。
近几年来，全国成立了一大批新的公司，在生产、流通领域中起了一定的作用，但其中有相当一部分公司政企不分、官商不分、转手倒卖、牟取暴利。这些问题的存在和发展，损害国家和群众的利益，造成社会分配不公，扰乱经济秩序，败坏社会风气，严重干扰和阻碍改革。为了治理经济环境，整顿经济秩序，加强对商品流通的管理，保障改革的顺利进行，必须对各类公司进行清理整顿。为此，中共中央、国务院作出了在全国范围内清理整顿公司的决定。决定内容包括10项：
（1）这次清理整顿的重点是1986年下半年以来成立的公司，特别是综合性、金融性和流通领域的公司。主要解决公司政企不分、官商不分、转手倒卖、牟取暴利等问题，进一步明确经营方针、经营范围，使之走上健康发展的轨道。
（2）坚决纠正公司政企不分的问题，取消公司的政府行政职能。除国务院直接授权极少数公司承担某些行政管NT作外，其他所有的公司都不得兼有政府的物资和投资分配、基本建没和技术改造立项审批、进出口商品和外汇计划审批、行业管理以及其他行政管理职能。
（3）各级机关（包括各级党的机关、国家权力机关、行政机关、审判机关、检察机关，下同），均不得用行政费、事业费、专项拨款、预算外资金和银行贷款投资开办公司。已经开办的公司，必须限期在财务和物资上与机关彻底脱钩。已向公司投入的资金，一律作为国有资产，由各级财政部门统一管理。各级机关不得以任何名义向公司收取资金和实物，用于本机关的财务开支和职工福利、奖励、补贴等开支。
（4）严格执行中央、国务院关于党和国家机关干部不得经商办企业的规定。党和国家机关的在职人员不得到公司（企业）兼职（含名誉职务，下同），已经兼职的，应限期辞去公司（企业）职务，或者辞去所任的党和国家机关职务。党和国家机关退（离）休干部办公司和在公司任职问题，按中央有关规定执行。无论是在职干部还是退（离）休干部，均不得利用权力和关系进行商业经营、金融等活动，从中牟利。凡违反者，由主管机关没收其不正当收入，并给予处分，构成犯罪的，由司法机关追究其刑事责任。
（5）各类公司必须按照核定的经营范围依法经营，严禁转手倒卖重要生产资料和紧俏耐用消费品，赚取非法利润。重要生产资料和紧俏耐用消费品的供应业务，应由国营商业、物资供销部门、供销合作社和生产这类商品的企业依法经营。对违反者，按《投机倒把处罚暂行条例》处理。
（6）所有公司都必须依法纳税。一律取消对公司特批的减免税优惠待遇和银行贷款优惠利率。
（7）严格公司审批手续。除外商投资企业按有关法律执行外，成立新的公司，必须由各级主管部门进行审核，按业务性质分别向有关部门提出申请，经审查同意后，报工商行政管理部门核准，并办理登记注册。大型综合性公司，须报国务院批准。公司的注册资本必须与实有资金相符，经营范围要从严核定。任何单位和个人不得凭借权力和关系，通过批条子、说情甚至行贿等手段干扰审批工作，对违反者要严肃处理。
（8）本决定同时适用于工会、妇联、共青团、文联和各种协会、学会、基金会等群众组织、社会团体及其人员。
（9）公司的清理整顿工作，由各省、自治区、直辖市人民政府和中央各部门分别负责。各级人民政府和有关部门应确定一位负责人领导清理整顿公司的工作，并成立专门的工作班子。各地区、各部门要在调查摸底的基础上，提出所属公司撤销、合并和保留的具体方案。凡不具备条件和没有存在必要的公司，要坚决撤并，其财产不得转移，资金不得抽走。同时要边整顿，边建设，明确各类公司的经营方针和范围，建立健全公司的财务、人事、工资、奖金、福利和经营管理等各项规章制度。
（10）各级人民政府要采用一般清理和重点整顿相结合的方法，突破重点，推动全局。对问题比较严重的公司，要列出清单，组织力量进行重点整顿。整顿后，认为有必要予以保留的，要重新登记注册。全国清理整顿公司的工作限于1988年底前基本结束。
《决定》下发后，各地区、各部门做了不少工作，取得了一定成绩。但由于对清理整顿公司的艰巨性和复杂性认识不足，措施不够明确有力，一些地方和部门犹豫观望，行动迟缓，再加上动乱和反革命暴乱的干扰，清理整顿工作远没有取得预期的效果。为了进一步把清理整顿公司的工作抓紧、抓好、抓到底，中共中央、国务院又于1989年8月17日作出了关于进一步清理整顿公司的决定。《决定》要求：（1）通过清理整顿，坚决撤并一批不符合社会需要、重复设置、不具备开办条件、严重违法乱纪的公司，以及长期经营不善、严重亏损、已经资不抵债的公司，重点是砍掉各级党政机关开办的公司、流通领域中过多、过滥的从事商业批发、对外贸易、物资供应的公司和金融性公司。（2）通过清理整顿，认真查处违法违纪案件，特别是查处社会影响大的有县级以上领导干部参与的大案要案。（3）通过清理整顿，逐步建立健全公司的各项管理法规和制度，特别是财会、税收和审计制度，以保证公司的健康发展。《决定》强调要坚决排除一切干扰和阻力，决不能搞形式主义，不能走过场。中共中央、国务院还决定成立以田纪云为组长的全国清理整顿公司领导小组。
《决定》下发后，各地区、部门迅速采取行动，清理、整顿了不符合《决定》规定的公司，查处了一批违法乱纪的公司和人员，制定了一系列的法规和制度，这些对于保证公司的健康发展和经济环境的改善、经济秩序的稳定、反腐倡廉都起了很大的作用。